Il 7 Maggio del 1950 Mons. Pennisi è eletto Vescovo titolare di Cesarea di Mauritania e Vescovo ausiliare di Mons. Ettore Baranzini nella sede arcivescovile di Siracusa e nella nuova sede vescovile di Ragusa, dove risiede. Il 15 Agosto 1950 viene consacrato Vescovo nella Cattedrale di Catania da Mons. Ettore Baranzini, arcivescovo metropolita di Siracusa e vescovo di Ragusa, coconsacranti Guido Luigi Bentivoglio, arcivescovo coadiutore di Catania e Salvatore Russo, vescovo di Acireale. Il 1° Ottobre 1955 viene nominato Vescovo della Nuova Diocesi di Ragusa, ormai non più unita a Siracusa, e l’11 Novembre 1955 avviene la solenne cerimonia della presa di possesso. A Mons. Pennisi tocca l’onere e l’onore di impostare la Nuova Diocesi, di darle unità di impegno e pastoralità, e di dotarla di tutti gli strumenti operativi indispensabili per una efficiente funzionalità. È sua cura creare le indispensabili infrastrutture per un buon funzionamento della Diocesi: sistemazione del palazzo vescovile, degli uffici di Curia e, accanto, la costruzione ex novo del Seminario Diocesano, un nuovo grande edificio al centro della città, vivaio della diocesi, verso cui spende cure mirabili, dalla scelta delle vocazioni, all’attento discernimento dei superiori e dei professori, alla promozione delle giornate pro seminario fra i fedeli.
Nell’arco di 24 anni di episcopato provvede alla creazione di trenta nuove parrocchie, costruisce alcune chiese e parecchi centri di attività per le opere di ministero parrocchiale. Per realizzare tutto ciò chiede e ottiene in Diocesi anche la presenza dei Padri Salesiani, dei Padri Gesuiti, dei Frati minori Conventuali, dei Padri dottrinari, e di altri religiosi e religiose che arricchiscono la diocesi di nuove forze ed esperienze. Apre il suo Episcopio ad una schiera di persone che si rivolgono a lui per ricevere conforto aiuto e consiglio: punto di riferimento per sacerdoti e laici, pronto collaboratore con le autorità civili. Tutti hanno trovato in Mons. Pennisi apertura di cuore, disponibilità e amicizia.
Partecipa a tutte le sessioni del Concilio Vaticano Secondo. Il 15 Aprile del 1960, gli viene conferito anche il privilegio di divenire Vescovo Assistente al Soglio Pontificio. Restano di lui pubblicate numerose lettere pastorali e parecchie opere teatrali tradotte anche il lingua estera. Dal Ministero della Pubblica Istruzione viene decorato della medaglia d’oro al merito della cultura. In ossequio alle disposizioni conciliari al compimento del suo 75° anno di età presenta alla Santa Sede la richiesta di essere esonerato dagli impegni diocesani e il 20 marzo 1974 lascia Ragusa per ritirarsi nella sua natia Pedara.
Il 25 giugno del 1974, dopo appena tre mesi, improvvisamente Mons. Pennisi torna alla casa del Padre. Il suo corpo viene tumulato nella cappella del SS. Sacramento della Cattedrale di San Giovanni battista di Ragusa, come aveva espressamente lasciato scritto nel suo testamento olografo.
Il 31 dicembre del 1975, Mons. Angelo Rizzo istituisce la Biblioteca Diocesana e la dedica al suo venerato predecessore Mons. Francesco Pennisi.
(Fonte: diocesidiragusa.it – Ricerca storiografica a cura di Domitilla Occhipinti per l’Archivio Diocesano. Tutti i diritti sono riservati, è vietata la riproduzione anche parziale