Ebbe, anche, l’ufficio di vice rettore del seminario, divenendo l’educatore dei molti giovani che si preparavano al sacerdozio con una sapienza pedagogica basata sul Vangelo e sull’attenzione allo sviluppo della persona. Moltissimi sacerdoti lo ricorderanno come modello di bontà e virtù, nonché esempio di vita sacerdotale. Intanto improvvisamente moriva il giovane vescovo Giacomo Carabelli e la Santa sede nominava Monsignor Ettore Baranzini , che era stato in Sicilia come segretario dell’arcivescovo di Palermo, Cardinale Lualdi. La presa di possesso della sede di S. Marciano da parte di Monsignor Baranzini fu salutata con gioia da quanti lo conoscevano e in modo speciale dal giovane sacerdote Carmelo Canzonieri che lo aveva incontrato come rettore al Seminario Lombardo. Si instaurò tra i due uno spirito di stima, collaborazione e confidenza tale che il nuovo vescovo di Siracusa cominciò a pensare a destinarlo per uffici molto più importanti nella Arcidiocesi di Siracusa. Dopo cinque anni l’occasione si presentò per la successione al Parroco della Parrocchia San Giovanni Battista di Ragusa. Monsignor Angelo Arezzi era morto nel Maggio 1938. Il vescovo di Siracusa comunicò al sacerdote Don Carmelo Canzonieri, che, allora, aveva appena trent’anni, la volontà di nominarlo parroco di una delle più importanti parrocchie della arcidiocesi, tenendo conto del fatto che nel 1927 la città di Ragusa era stata elevata a capoluogo della nuova provincia omonima e quindi il ruolo del titolare di San Giovanni assumeva un’importanza particolare.
Il 6 maggio 1950, il Papa Pio XII con la Bolla Ad dominicum gregem istituisce la Diocesi di Ragusa che resta, tuttavia, unita aeque principaliter all’Arcidiocesi di Siracusa. Il sogno dei fedeli ragusani portato avanti con saggezza e determinazione dal Parroco Canzonieri diventa realtà. L’unico aspetto poco chiaro era la nomina di S.E. Mons. Baranzini a Vescovo di Ragusa e contemporaneamente rimaneva Arcivescovo di Siracusa, mentre veniva nominato come Vescovo Ausiliare Mons. Francesco Pennisi, Rettore del Seminario Arcivescovile di Catania e gli veniva conferito, dalla bolla papale, l’ufficio di Vicario Generale delle due Diocesi, con l’obbligo di residenza a Ragusa. Il 18 maggio nella Chiesa di san Giovanni Battista, elevata alla dignità di Cattedrale della nuova Diocesi e sede del Vescovo pro tempore, S.E. Mons. Ettore Baranzini convocava i fedeli per dare l’annunzio della nascita della nuova Chiesa Ragusana. In quell’occasione ebbe a citare le parole di San Paolo: gaudere cum gaudentibus (i Ragusani) e flere cum Flentibus (i Siracusani). Sulle spalle di Mons. Canzonieri cadde il pesante impegno di apprestare il nuovo Vescovado, utilizzando, secondo il legato della Signora Maria Cartia, il Palazzo sito in Via san Giovanni, per accogliere il Vescovo Francesco Pennisi. Il Parroco di San Giovanni si mise al lavoro per la partecipazione all’Ordinazione Episcopale di Mons. Francesco Pennisi che fu conferita nella Cattedrale di Catania, il 15 agosto 1950. successivamente organizzò l’ingresso dello stesso Vescovo ausiliare a Ragusa, alla vigilia della Festa di San Giovanni Battista, il 28 agosto 1950. fu accolto presso l’attuale Chiesa di Maria Ausiliatrice (ancora inesistente) e processionalmente Vescovo, clero e fedeli si recarono nella nuova Cattedrale San Giovanni. In quel pomeriggio Monsignor Pennisi rivolse la parola ai fedeli ragusani, dentro il tempio di San Giovanni desiderando impegnarsi come Pastore a servizio della Chiesa con l’ardore del figlio dell’Etna (era nato a Pedara) e nel caso non fosse riuscito nell’opera intrapresa avrebbe preso il suo cappello e sarebbe andato via. In quel momento Mons. Canzonieri diveniva l’organizzatore silenzioso e possiamo dire sotterraneo delle attività necessarie per dare inizio alla nuova Diocesi pur non avendo un mandato ufficiale e un incarico specifico. Tuttavia la sua autorità ed il suo ascendente era tale che non necessitava di particolari indirizzi ed istruzioni. Come Parroco della Cattedrale assumeva delle responsabilità che prima non aveva per predisporre ogni cosa necessaria e soprattutto per accogliere il Cardinale di Palermo, Ernesto Ruffini che era stato incaricato da Pio XII come esecutore della bolla pontificia Ad dominicum gregem. Il 9 settembre 1950, il Cardinale Ruffini venne a Ragusa da Palermo, ed è accolto alla stazione ferroviaria di Ragusa (viaggiava con il treno) e percorrendo Viale Tenente Lena, Piazza Libertà, il Ponte Nuovo, la Via Roma entrava nella Chiesa di san Giovanni, dove ordinava di mostrare la bolla papale e di darne lettura al clero, ai religiosi e ai fedeli presenti e dichiarava esecutiva la predetta bolla. Dopo un’allocuzione al popolo si cantava solennemente il Te Deum di ringraziamento. Dopo veniva redatto un verbale che sottoscritto si inviò alla Santa Sede. Sembrava concluso l’aspetto formale, ma per Mons. Canzonieri la fatica e il lavoro della nuova Diocesi continuavano in maniera più dura e pesante.
Appena insediato a Ragusa il Vescovo Pennisi, il 15 settembre 1950 nominò presidente della Pontificia Commissione di Assistenza e dell’ANARMO (Opera Nazionale Assistenza Religiosa e Morale Operai) il Parroco Monsignor Carmelo Canzonieri che intraprese una vasta opera caritativa e sociale. Contestualmente il 15/09/1950 lo nominò Direttore dell’Ufficio Catechistico Diocesano, delegato Vescovile dell’Azione Cattolica ed infine l’1/01/1952 Direttore Spirituale del nuovo Seminario Vescovile di Ragusa. Mons. Pennisi in accordo con Mons. Baranzini riversò la sua fiducia nel Parroco di San Giovanni per dare inizio alle principali opere pastorali della nuova Diocesi. Inoltre fu consigliere del Nuovo Consiglio di Amministrazione della Diocesi, nominato il 27/09/1950 e consigliere della Commissione Diocesana di Arte Sacra, nominato il 24/06/1951. Frattanto il Pontefice Pio XII il 28/10/1951, con la bolla “Ex antiqua Ecclesiae” istituisce il Capitolo della Cattedrale di Ragusa come organo consultivo del Vescovo ed organismo dedito al culto liturgico. Il 6/1/1952, venivano nominati i canonici del Capitolo e a Mons. Canzonieri veniva attribuita la prima dignità dello stesso, cioè Arcidiacono. E nello stesso giorno apriva le porte il Piccolo Seminario Vescovile di Ragusa (dalla quinta elementare alla seconda media) con un numero di sessanta seminaristi. Nel Capitolo della Cattedrale si riversavano i desideri dei Ragusani di vedere la Diocesi autonoma da quella di Siracusa. E pertanto i capitolari indirizzavano parecchie lettere e richieste alla Santa Sede per arrivare alla sperata separazione perché la posizione di Mons. Pennisi era messa in ombra dalla Curia di Siracusa e spesso esclusa dalle decisioni più importanti riguardanti il clero e la pastorale diocesana. Tra l’altro non veniva consentito a Mons. Pennisi di celebrare i pontificali della cattedra vescovile in quanto riservata a Mons. Baranzini, che ne aveva diritto, ma che con larghezza d’animo poteva essere concessa al Vescovo ausiliare che era obbligato ad usare una sedia mobile nel presbiterio. La visita pastorale fu condotta da Mons. Baranzini, nella Diocesi di Ragusa, senza coinvolgere il Vescovo ausiliare. Tutti gli atti della Curia di Ragusa dovevano necessariamente transitare da quella di Siracusa per essere sottoposti all’Arcivescovo Mons. Baranzini. Intanto agli inizi del 1953 la Gulf Oil Company, aveva trovato il petrolio nel territorio ragusano, suscitando grandi speranze e prospettive di lavoro in un momento in cui era in crescita l’emigrazione e la fuga dalle campagne verso la città provocando il fenomeno dell’urbanesimo molto nefasto e negativo per la pastorale della Chiesa. Il 25/07/1953 Mons. Carmelo Canzonieri assieme al Capitolo invia una circostanziata lettera al Cardinal Adeodato Giovanni Piazza, Prefetto della Congregazione Concistoriale, segnalando un’atmosfera di tensione tra la Curia di Siracusa e la nuova Diocesi di Ragusa e soprattutto nei riguardi di Mons. Pennisi, della Curia e del Clero di Ragusa. Il 29/08/1953 segnava l’inizio della lacrimazione del quadro della Madonna di Siracusa, suscitando molta emozione e una grandissima devozione con pellegrinaggi da tutta la Sicilia e dall’Italia. La lacrimazione cessò il 01/09/1953. Intanto non fu concesso al Piccolo Seminario di Ragusa di ampliare le scuole e quindi i seminaristi di Ragusa dovevano continuare i propri studi nel Seminario di Siracusa. L’occasione di un certo conflitto avvenne per il 50mo di Sacerdozio di Mons. Ettore Baranzini, che la nuova Diocesi di Ragusa volle ricordare con il dono di un calice d’oro che fu trattenuto a Siracusa, mentre il dono era stato fatto allo stesso ma come Vescovo di Ragusa e quindi doveva rimanere nella Chiesa di san Giovanni. Il 13/07/1954 Mons. Canzonieri espone alla Congregazione Concistoriale l’ostruzionismo della Curia di Siracusa la quale, tra l’altro aveva trattenuto il calice del 50mo di Mons. Baranzini.
L’argomento del Seminario di Ragusa angustiava il Clero ed i fedeli di Ragusa in quanto non era consentito lo sviluppo oltre la terza media non venivano istituite le altri classi superiori. Il 12 ottobre 1954 Monsignor Carmelo Canzonieri appoggiato dal Capitolo della Cattedrale inviava una nota alla Congregazione Concistoriale nella quale illustrava la situazione del Seminario unito a Siracusa senza possibilità di sviluppo. Il 30 aprile 1955 Mons. Ettore Baranzini, dietro una richiesta ben precisa, non consente l’istituzione della IV Ginnasiale nel Piccolo Seminario Vescovile di Ragusa, pur essendoci un numero rilevante di Seminaristi nella terza media dello stesso. Un altro motivo di amarezza si riscontrò nella celebrazione del primo quinquennio dell’erezione della Diocesi di Ragusa: Mons. Ettore Baranzini non fu presente nel ricordo dell’evento. Il 06/09/1955 veniva a mancare il canonico Alfio Riela, cugino del Vescovo Monsignor Francesco Pennisi e Pro Rettore del Seminario di Ragusa. Mentre si pensava alla persona che avrebbe potuto sostituire il defunto Pro Rettore, arriva improvvisamente il momento dell’autonomia della Chiesa Ragusana da quella Siracusana. Difatti Pio XII con la Costituzione Apostolica “Quanquam est” datata 01/10/1955 attribuiva piena autonomia alla Diocesi di Ragusa con i suoi diritti e la sua piena giurisdizione. Contestualmente Pio XII con bolla “Attentis Peculiaribus” del 1/10/1955 nominava Vescovo titolare della Chiesa di Ragusa Mons. Francesco Pennisi trasferendolo da Cesarea di Mauritania. Lo stesso Pio XII con bolla “Perlibenter Nuntiamus” annunziava al Clero e al Popolo della Diocesi di Ragusa la separazione dalla Chiesa Siracusana. Il 5/10/1955 l’Osservatore Romano, nella rubrica “nostre informazioni” dava notizia della separazione della Diocesi di Ragusa e della nomina di Mons. Francesco Pennisi a Vescovo della stessa Diocesi. Il 6/10/1955 Mons. Carmelo Canzonieri assieme al Capitolo scrivevano al Cardinale Giovanni Adeodato Piazza per esprimere la gratitudine dei fedeli ragusani, l’esultanza per l’obbiettivo raggiunto ed infine manifestavano piemo attaccamento alla Sede Apostolica di Roma e al Sommo Pontefice Pio XII. I passi successivi dell’inizio dell’autonomia furono a sequenza ravvicinata. Il 07/10/1955 Mons. Pennisi in attesa della presa di possesso, viene nominato dalla Santa Sede come Amministratore Apostolico della Diocesi. Il quale il 13/10/1955 fa il giuramento di fedeltà presso la Cancelleria Apostolica e successivamente il 20/10/1955 giura dinanzi al Presidente della Repubblica Italiana On.le Giovanni Gronchi. Sulle spalle di Mons. Canzonieri ricadeva pertanto l’onere della organizzazione della presa di possesso del Nuovo Vescovo di Ragusa. Il 1/11/1955 Mons. Pennisi inviava una lettera alla Curia Arcivescovile di Siracusa chiedendo la restituzione del Calice d’oro offerto a Mons. Baranzini in occasione del suo 50° di Sacerdozio.
Il 12/11/1955 Mons. Pennisi entrò trionfalmente a Ragusa e prese possesso canonico della Diocesi con la presenza di autorità nazionali regionali e provinciali; tra gli altri fu presente l’On.le Giuseppe Alessi, Presidente della Regione Sicilia e Mons. Giovanni Jacono, Vescovo di Caltanissetta. Il 13/11/1955 Mons. Pennisi affida l’incarico di Vicario Generale al Parroco della Cattedrale, Mons. Carmelo Canzonieri quasi a chiusura di un lungo periodo storico.
Accanto a mons. Francesco Pennisi fu collaboratore intelligente e sagace attivando tutte le potenzialità e le risorse della nuova Diocesi.
Continuò la sua attività propulsiva nella Pontificia Opera di Assistenza: assistenza religiosa e morale ai lavoratori, Pie Unioni, asili infantili, colonie estive, a Giarratana, Ragusa, Santa Croce Camerina, Marina di Ragusa, centro di addestramento professionale, patronati, ufficio tecnico progettazione e gestione dei cantieri.
Tutte queste attività avevano come centro i due fabbricati di Via Carducci di Ragusa, circondati da un ampio terreno che fu adibito a campo sportivo.
A questa apertura sociale si aggiunse la nomina ad assistente delle Associazioni ACLI, istituita nel secondo dopo guerra per la formazione cristiana dei lavoratori e la relativa assistenza materiale e spirituale.
Subito dopo l’autonomia della Diocesi, Monsignor Francesco Pennisi, aiutato da Mons. Carmelo Canzonieri, istituiva nuove parrocchie nel territorio della Diocesi il 10/5/1956: San Francesco di Paola a Vittoria, SS. Rosario a Vittoria, San Giovanni Bosco a Vittoria, Madonna Assunta a Vittoria, Sacro Cuore di Gesù a Comiso.
Ormai era nell’aria che prima o poi Monsignor Canzonieri sarebbe stato scelto come Vescovo.
Il 29 giugno 1956 Monsignor Canzonieri rinunzia alla Parrocchia Cattedrale san Giovanni Battista e si dedica pienamente al suo ufficio di Vicario Generale, Presidente della POA, Assistente dell’ACLI ed inoltre come docente di Filosofia e Teologia dogmatica nel Seminario Vescovile di Ragusa.
Il Seminario Vescovile dal 1/10/1956 aveva cominciato a funzionare con tutti i corsi compreso il liceo che, nell’anno precedente, mancava ed era già completo con il corso di Teologia. Era stato nominato nuovo Rettore del Seminario Monsignor Carmelo Tomasi.
Mentre la nuova Diocesi autonoma di Ragusa cominciava a camminare con grande dinamismo e soprattutto con grande entusiasmo non solo nel clero ma in moltissimi fedeli, il 11/03/1957 Monsignor Carmelo Canzonieri viene eletto Vescovo ausiliare di Messina.
L’ordinazione episcopale fu conferita all’ex parroco di San Giovanni nella Chiesa dove per 19 anni aveva esercitato il suo ufficio e ministero di pastore.
Il 12/05/1957, seconda domenica di maggio e Solennità della Madonna della Medaglia. Compatrona di Ragusa, per imposizione delle mani di S.E.Mons. Ettore Baranzini, celebrante principale, di Mons. Francesco Pennisi e Mons. Clemente Gadoli Vescovo di Nicosia, il Vescovo eletto Mons. Carmelo Canzonieri ricevette il ministero episcopale con grande partecipazione di fedeli e di autorità
Il giorno in cui passò da questa vita a quella eterna il Vescovo Ragusano, Mons. Giovanni Jacono, emerito di Caltanissetta, il 26/5/1957, il nuovo Vescovo ragusano Mons. Carmelo Canzonieri lasciava la sua amata Ragusa per fare il suo ingresso ufficiale nell’Arcidiocesi di Messina. Mons. Paino, Arcivecovo di Messina, descrisse l’opera pastorale del suo ausiliare in termini altamente significativi: “Considero una vera segnalata grazia del Signore, quella di essermi trovato accanto nel mio lungo episcopato messinese, Mons. Carmelo Canzonieri… in tutte le circostanze me lo sono visto accanto, animato dal più grande spirito di abnegazione, in faticato ed affettuoso collaboratore, illuminato consigliere, pronto a prevenire anche i desideri. Ed io non cesserò di benedire il Signore per avermelo dato” (Mons. Rizzo, discorso funebre, in un vescovo operoso, Cattedrale san Giovanni, Ragusa 1995, p.63).
Dopo sei anni, il 10 novembre 1963 fu elevato a Vescovo di Caltagirone, ministero che prolungò fino al 9 gennaio 1983, quando raggiunse i 75 anni e diede, secondo le leggi della Chiesa, le dimissioni.
Ritornò nella sua Ragusa dove vive gli ultimi anni della sua vita operosa. Lasciò questo mondo per la casa del Padre il 26 marzo 1993 all’età di 86 anni con grande rimpianto di Ragusa, Messina e Caltagirone